电影类型：1997-07-19(日本) | 动作 科幻 奇幻 | 日本 |1小时27分钟
导演：庵野秀明|鹤卷和哉|
主演：绪方惠美|林原惠美|宫村优子|三石琴乃|
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第十七使徒被消灭后，NERV的工作似乎已经结束，各个部门的职员们正在祥和的气氛中谈论以后的去向。这时，NERV本部突然遭到了战略自卫队（后简称战自）的袭击。原来战自得到消息称NERV企图引发“第三次浩劫”，于是他们标榜着“保护全人类”的口号对NERV的工作人员进行了惨无人道的大屠杀。 　　 杀死了渚薰以后，碇真嗣无法再振作起来，整天沉浸在痛苦的思考中，无心去应付战自以及来自人类补完委员会的EVA量产机的攻击…… 　　 精神崩溃了的明日香失去了生存的意志，但当受到战自的威胁、生命危在旦夕的瞬间，她感受到了EVA机中母亲的存在，并在驾驶舱内见到了母亲的笑颜。突破了心之障碍的明日香觉醒过来，与战自以及EVA量产机展开了殊死的战斗…… 　　 为了与碇唯再会而被制造出来的绫波丽，在与碇源堂约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。无论是作为容纳碇唯灵魂的容器或是“人类补完计划”的道具，她的命运也会就此结束（再生？），而已感到自我灵魂存在的丽的抉择是…… 　　 在战自的攻击之下，葛城美里不但要完成加持良治未完成的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护真嗣与明日香以及防备Seele对初号机与二号机的物理接触，她的忙碌直至被战自的流弹击中为止。 　　 出于对碇源堂的憎恨，赤木律子接受了Seele引爆MAGI的提案，但拥有赤木尚子思维方式的MAGI选择了碇源堂而放弃了自己的女儿，拒绝了自爆的提议。之后，律子被源堂射杀…… 　　 根据《死海文书》所记载，十数年后一定会引起第三次浩劫，Seele需要所有的EVA去完成《人类补完计划》。他们一方面告知战自NERV企图引发第三次浩劫，挑动战自攻击NERV，另一方面指挥量产机与EVA作战。Seele使用如此残虐的手段，其目的是——改变人类物质存在方式的通过仪式。 　　 长期与Seele共事的碇源堂、冬月幸增、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，将人类引导入“新的世界”而酝酿了他们自己的“人类补完计划”。碇唯于2004年作为“被试验者”在试验中消失，十年后，源堂与冬月希望通过丽与莉莉斯的融合去补完人类，但在那之前，源堂希望能与碇唯相聚…… 　　 “人类补完计划”实行——除真嗣与明日香之外，全人类失去了物质形态与绝对领域，融合成了一个整体。