鸣人接下纲手下达的任务，和小樱一起追踪拔忍蜈蚣。他们追着蜈蚣来到了沙漠中的废墟“楼兰”，而蜈蚣的目标正是沉眠于楼兰地底的龙脉。龙脉拥有巨大的能量，蜈蚣将龙脉解封，能量的漩涡把进入废墟探查的鸣人吸了进去。 鸣人从昏迷中醒来，发觉自己身在一个陌生的地方：这是一个繁华热闹的市镇，市镇中心有一座高耸入云的巨塔。鸣人虽然不清楚究竟发生了什么，但他还是继续寻找蜈蚣。鸣人在市镇里遇到了女王莎拉。 原来鸣人穿越时空，回到了过去，而此处正是极盛时代的楼兰。年轻的女王莎拉广受民众爱戴，人们安居乐业，过着太平日子。然而传言诡秘的大臣安洛克赞正在制造可怕的武器。 六年前，有一个来自未来的忍者像鸣人一样突然出现在楼兰。而安洛克赞其实是蜈蚣伪装的，他意欲在这个时代二度夺取龙脉的能量。 三代火影猿飞日斩得知蜈蚣的阴谋后，向皆人、志尾、丁座、卡卡西四人组发出了命令。 木叶村的忍者们跃入千之塔，与蜈蚣操控的傀儡军团展开了激战……