《贝肯熊2：金牌特工》讲述了拥有超级芯片的贝肯，梦想成为独当一面的金牌特工，然而特工局并不放心将任务交给一只北极熊去执行。贝肯为了证明自己的能力，贸然执行任务，误入陷阱，也因此失去了宝贵的芯片。变成普通北极熊的贝肯立志追回属于自己的芯片，却阴差阳错被粉丝小海豹缠上，无奈之下，他只好带上小海豹一起踏上寻找芯片的冒险之旅，不过这一切并没有贝肯想象中的顺利，他们需要躲避特工局的追查、闯过丛林伙伴的考验，以及面对拿走芯片的邪恶势力。历经曲折艰辛，在小海豹的鼓励下，贝肯终于找到自己与生俱来的力量，并领悟特工的真谛。