钟楼小精灵总是在午夜醒来，但是他一直渴望见到阳光，猫头鹰先生告诉他他的作息时间受到某块表的控制，他就调了整个博物馆的表。卡尔跟着学校来到博物馆，碰到了小精灵，小精灵拿走了博物馆珍藏的表，结果大家都以为是卡尔拿走的。小精灵终于白天醒来，看到了阳光下的一切，但是他也被阳光照耀成了黑色精灵。在一次游行活动中，小精灵的无意之举破坏了游行，整个小城的居民都不喜欢他，小精灵厌恶了白天，他想回到午夜。卡尔和他的朋友一起帮助把控制小精灵作息的钟楼里的大钟回调12个小时，小精灵终于又回归午夜，而且小精灵也帮助卡尔找到了失踪的表。